SARS-CoV-2: koks rimtas yra B.1.1.529 variantas, dabar pavadintas Omicron

Apie B.1.1.529 variantą pirmą kartą PSO buvo pranešta iš Pietų Afrikos 24 d^th 2021 m. lapkričio mėn. Pirmoji žinoma patvirtinta B.1.1.529 infekcija buvo iš mėginio, paimto 9 d.^th lapkritis 2021¹. Kitas šaltinis² rodo, kad šis variantas pirmą kartą buvo aptiktas mėginiuose, paimtuose 11 d^th 2021 m. lapkričio mėn. Botsvanoje ir 14 d^th 2021 m. lapkričio mėn. Pietų Afrikoje. Nuo to laiko COVID-19 atvejų skaičius smarkiai išaugo beveik visose Pietų Afrikos provincijose. Kaip ir 27 d^th 2021 m. lapkričio mėn. nauji šio varianto atvejai taip pat buvo užregistruoti Belgijoje, Honkonge, Izraelyje ir Jungtinėje Karalystėje³, Vokietija, Italija ir Čekijos Respublika, kurių visų kilmė yra susijusi su kelionėmis.  

Dėkojame Pietų Afrikos valdžios institucijoms už tai, kad neskyrė laiko bendrauti ir dalytis svarbia informacija su pasauline mokslo bendruomene, kad PSO ekspertų grupė galėtų susitikti 26 d.^th 2021 m. lapkričio mėn. ir greitai priskirti šį variantą susirūpinimą keliančiu variantu (LOJ). Klausimo rimtumą galima spręsti iš to, kad B.1.1.529 buvo priskirtas stebimu variantu (VUM) tik prieš dvi dienas, 24 d.^th 2021 m. lapkričio mėn., prieš paskelbiant LOJ 26 d^th 2021 m. lapkričio mėn., o ne pirmas kaip tiriamas variantas (VOI).  

Lentelė: susirūpinimą keliantys SARS-CoV-2 variantai (LOJ) 26 m. lapkričio 2021 d. 

Skuba B.1.1.529 priskirti susirūpinimą keliančiu variantu (LOJ), nes buvo nustatyta, kad šis variantas iki šiol yra labiausiai besiskiriantis SARS-CoV-2 variantas. Palyginti su SARS-CoV-2 virusu, iš pradžių aptiktu Uhane, Kinijoje, jame yra net 30 aminorūgščių pokyčių, 3 nedidelės delecijos ir 1 mažas įterpimas į smaigalio baltymą. Iš šių pokyčių 15 yra receptorių surišimo domene (RBD), viruso dalyje, kuri leidžia jam patekti į žmogaus ląsteles ir sukelti infekciją. Šis variantas taip pat turi daugybę pakeitimų ir ištrynimų kituose genomo regionuose². Mutacijos yra tokios didelės, kad ją būtų galima pavadinti nauju štamu, o ne variantu. Neįtikėtinai didelis smaigalių mutacijų kiekis reiškia didesnę galimybę pabėgti nuo žinomų antikūnų, todėl šis variantas kelia didelį susirūpinimą⁵.  

Perėjimas prie naujų variantų yra įprastas koronavirusams. Visada buvo būdinga tai, kad koronavirusai labai greitai mutavo savo genomuose, nes jų polimerazių nukleazės aktyvumas nėra korektiškas; daugiau perdavimo, tuo daugiau replikacijos klaidų, taigi daugiau mutacijų kaupiasi genome, todėl atsiranda naujų variantų. Žmogaus koronavirusai neseniai sukūrė mutacijas, kad sukurtų naujus variantus. Nuo 1966 m., kai buvo užfiksuotas pirmasis epidemijos epizodas, buvo keli variantai⁶. Bet kodėl tokia plati mutacija per vieną sprogimą? Gali būti, nes B.1.1.529 variantas išsivystė per lėtinę infekciją žmogui, kurio imunitetas nusilpęs, galbūt negydytam ŽIV/AIDS pacientui.⁷.  

Kad ir kokia būtų didelių mutacijų priežastis, jei greitas jos plitimo Pietų Afrikoje greitis yra koks nors požymis, šio varianto evoliucija gali turėti didžiulę įtaką šiuo metu naudojamų vakcinų imunitetui, užkrečiamumui ir virulentiškumui bei veiksmingumui.  

Ar esamos vakcinos išliks veiksmingos prieš šį naują variantą, ar bus daugiau vakcinų proveržio infekcijų atvejų, šiuo metu yra mažai duomenų, kad būtų galima daryti išvadas. Tačiau neseniai atliktame tyrime sintetinis variantas su 20 smailių baltymų mutacijų parodė beveik visišką antikūnų pabėgimą.⁷. Tai rodo, kad naujasis variantas B.1.1.529, turintis daug daugiau mutacijų, gali rodyti žymiai sumažintą antikūnų neutralizavimą. Tačiau atrodo, kad naujasis variantas yra labiau perduodamas, nes jis greitai pakeitė Delta variantą Pietų Afrikoje, nors dabartinių duomenų nepakanka patikimam įvertinimui atlikti. Be to, šiame etape neįmanoma komentuoti simptomų sunkumo.  

Atsižvelgiant į tai, kad per pastarąsias kelias savaites Europa jau svyruoja su neįprastai dideliu COVID 19 atvejų skaičiumi (dėl labai užkrečiamo delta varianto) ir spartų susirgimų dažnį. Mikronas (B.1.1.529) variantas paplito Pietų Afrikoje, neseniai pakeitęs delta variantą, kelios Europos šalys, įskaitant JK, Vokietiją ir Italiją, įvedė kelionių apribojimus atvykstantiems iš Pietų Afrikos ir kaimyninių šalių, tokių kaip Botsvana, Malavis, Mozambikas, Zambija ir Angola. Bijodamas blogiausio, Izraelis turi uždrausti atvykti lankytojams iš visų šalių.  

Pasaulis tiek daug investavo į COVID-19 vakcinų kūrimą ir administravimą, kad apsaugotų žmones nuo pandemijos. Mokslininkams ir valdžios institucijoms kyla svarbiausias klausimas, ar pagrindinės vakcinos nuo COVID-19, pvz., Pfizer–BioNTech, Oxford–AstraZeneca, Moderna, Johnson & Johnson, išliks veiksmingos ir prieš Omicron (B.1.1.529) variantą. . Tai skatina faktas, kad Pietų Afrikoje buvo pranešta apie proveržio infekcijas. Dviem Honkongo atvejams taip pat buvo skirtos vakcinos dozės⁹. 

„Pan-koronaviruso“ vakcinų kūrimas¹⁰ (daugiavalentės vakcinos platformos¹¹), atrodo, reikia valandos. Tačiau greičiau gali būti įmanoma greitai pagaminti revakcinacijas mRNR ir DNR vakcinas, apimančias mutacijas. Be to, neseniai patvirtintas antivirusiniai vaistai (Merck Molnupiraviras ir Pfizer Paxlovid) turėtų būti naudingi apsaugant žmones nuo hospitalizavimo ir mirties.   

 *** 

Nuorodos:  

1. PSO 2021. Naujienos – Omicron klasifikacija (B.1.1.529): SARS-CoV-2 susirūpinimą keliantis variantas. Paskelbta 26 m. lapkričio 2021 d. Prieiga internete adresu https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern  

2. Europos ligų prevencijos ir kontrolės centras. SARSCoV-2 atsiradimo ir plitimo pasekmės B.1.1. 529 susirūpinimą keliantis variantas (Omicron), skirtas ES/EEE. 26 m. lapkričio 2021 d. ECDC: Stokholmas; 2021. Prieiga internete adresu https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529  

3. JK vyriausybė 2021 m. Pranešimas spaudai – JK nustatyti pirmieji Omicron varianto atvejai. Paskelbta 27 m. lapkričio 2021 d https://www.gov.uk/government/news/first-uk-cases-of-omicron-variant-identified   

4. PSO, 2021. SARS-CoV-2 variantų sekimas. Galima internetu adresu https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

5. GitHub, 2021. Thomas Peacock: B.1.1 palikuonis, susijęs su Pietų Afrika, turintis daug Spike mutacijų Nr. 343. Galima internetu adresu https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 

6. Prasad U.2021. Koronaviruso variantai: ką mes žinome iki šiol. Mokslinis Europos. Paskelbta 12 m. liepos 2021 d. Prieiga internete adresu http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/variants-of-coronavirus-what-we-know-so-far/ 

7. GAVI 2021. Vakcinos darbas – ką mes žinome apie naują B.1.1.529 koronaviruso variantą ir ar turėtume nerimauti? Galimas adresu https://www.gavi.org/vaccineswork/what-we-know-about-new-b11529-coronavirus-variant-so-far 

8. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. ir kt. Didelis genetinis barjeras SARS-CoV-2 polikloniniams neutralizuojantiems antikūnams pabėgti. Gamta (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

9. Stipriai mutavęs koronaviruso variantas mokslininkus sužadina. Gamta Nai. Atnaujinta 27 m. lapkričio 2021 d. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w  

10. Soni R. 2021. „Pan-coronavirus“ vakcinos: RNR polimerazė atsiranda kaip vakcinos taikinys. Mokslinis Europos. Paskelbta 16 m. lapkričio 2021 d. Prieiga http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/pan-coronavirus-vaccines-rna-polymerase-emerges-as-a-vaccine-target/  

11. NIH 2021. Pranešimas spaudai – NIAID išleidžia naujus apdovanojimus, skirtus finansuoti „pankoronaviruso“ vakcinas. Paskelbta 28 m. rugsėjo 2021 d https://www.nih.gov/news-events/news-releases/niaid-issues-new-awards-fund-pan-coronavirus-vaccines  

***